Buenas,
perdón el reflote, pero quería preguntar si a día de hoy (un año después del OP) el commander es capaz de automáticamente desactivar esta molesta alarma.

Sí, ya lo hace.

Lo hace y también te permite cambiar la tolerancia (es decir, si por ejemplo la carretera marca limite 60 km/h, puedes elegir si quieres que pite desde lo 60, 70, 80, 90, 100, 110 o 120 km/h).
Y lo bueno es que no te salta el "error" que salta normalmente cuando lo desactivas (al menos usando la tolerancia de arriba), lo del "asistente inteligente de velocidad", así que te ahorras también la duda que la notificación que ves sea por algo de verdad (y no simplemente por el hecho de haber desactivado el pitar)